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PAM的需求和扩展CRISPR超越SpCas9

发布的乔尔·麦克达德2020年8月20日上午10:30

最初发布于2015年11月12日,最后更新于2020年8月20日。

Cas9可用于修改任何所需的基因组靶标,条件是:(1)该序列相对于基因组的其他部分是唯一的;(2)该序列位于原pacer邻近基序(PAM序列)的上游。3 - 5个核苷酸的PAM序列用作Cas9的结合信号,并且该序列为Cas9介导的DNA切割的严格要求。

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主题:CRISPR,中科院蛋白质

CRISPR 101: Cas13的RNA编辑

发布的玛丽传动装置2020年7月31日上午8:30

最初发表二零一七年十一月三十零日和更新的2020年7月31日。

Cas13酶迅速成为CRISPR领域的主要参与者。仅仅一年后,张枫的实验室鉴定Cas13a (C2c2)(Abudayyeh et al., 2016)他们作为rna靶向CRISPR酶采用Cas13b进行精确RNA编辑(Cox et al., 2017)。这个新的系统,称为修复(RNA编辑可编程的A到I (G)替换)是第一个RNA编辑CRISPR工具。两年后,该实验室发表了一篇关于RNA编辑器的论文,允许C编辑(救援)。我们将介绍这些工具是如何开发的,以及在研究中可以使用的方法。

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主题:CRISPR,CRISPR 101,中科院蛋白质

基于CRISPR/Cas的SARS-CoV-2/COVID-19检测方法

发布的客人的博客2020年5月5日上午9:15:00

本文由Shravanti苏雷什爱荷华州立大学。

自出现以来,SARS-CoV-2已扩散到几乎世界各地,成为一场全面的大流行。遏制这一病毒的传播已成为世界各国的一项首要任务,为此,世卫组织建议采取一项战略:检测、跟踪和保持社会距离。

像韩国这样的国家,早期爆发的中心之一,最终使这条曲线变平,很明显,广泛的检测对于控制这一流行病至关重要。目前,CDC使用RT-qPCR测试诊断COVID-19,并使用一些血清学测试来确定过去的接触。然而,试剂和设备的有限可用性和漫长的周转时间,导致研究人员转向其他技术,如CRISPR。

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主题:CRISPR,中科院蛋白质,新型冠状病毒肺炎

用SHERLOCK和DETECTR找到核酸

发布的贾静雯Cecchetelli2020年4月16日上午9:00:09

最初发表二零一八年八月三十零日和更新2020 4月16日。

敏感和特异的核酸检测对临床诊断、基因分型和生物技术进步至关重要。然而,许多核酸检测方法要么缺乏检测低浓度核酸的灵敏度或特异性,要么过于昂贵、耗时和复杂,无法在标准实验室之外使用。在COVID-19大流行的情况下,qPCR可用于诊断是否存在SARS-CoV-2 RNA,但试剂和设备的获取不足已成为瓶颈。

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主题:CRISPR,中科院蛋白质,其他CRISPR工具,新型冠状病毒肺炎

从黄石温泉中分离出耐高温的IgnaviCas9的幕后

发布的克里斯蒂娜莫克在2019年11月12日上午9时00分零零秒

2008年,地震实验室斯坦福大学开始对探索生物暗物质感兴趣——微生物生命树中尚未被探索的大片区域。使用新的单细胞测序方法,实验室能够消除对无菌(纯)实验室培养来研究这些微生物的需要。从16S rRNA测序,温泉是众所周知的多样性热点含有大量的生物暗物质,所以实验室组织了一次取样之旅黄石国家公园(YNP)。

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主题:CRISPR,中科院蛋白质

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